Κατά την άποψή μου μπορείς να τακτοποιήσεις όλα όσα αναφέρεις με τον Ν.4014/11.
Αν θέλεις να νομιμοποιήσεις στη συνέχεια, γιατί όχι εφόσον είναι σύννομα ή αν προτιμάς για ό,τι είναι σύννομο.

Για την τακτοποίηση της περίφραξης καλό θα ήταν να έχεις την συναίνεση του συνιδιοκτήτη γιατί είναι κοινόχρηστος χώρος έστω και αν έχεις την αποκλειστική χρήση αυτού.
Αν ο συνιδιοκτήτης δεν συναινεί γιατί να τη δηλώσεις; Δεν θα σε εμποδίσει να δώσεις μελλοντικά βεβαίωση για τη μεταβίβασή του.